# Foire aux questions

## Gestion de la saisie d'un mélange d'espèces

Dans le cas d'une capture abondante de plusieurs espèces dont les individus sont morphologiquement proches (exemple : mélange de Scomber scombrus et de Scomber colias), le responsable du tri peut prendre la décision de ne pas trier ces espèces. Le mélange d'espèces et mis en caisses qui sont pesées. Le tri en espèces scientifique se fait dans un second temps à partir d'un échantillon représentatif tiré de plusieurs caisses réparties sur toute la durée du tri. Si les sous lots ainsi obtenus sont encore trop importants, un nouvel échantillonnage peut être réalisé avant de mesurer les individus.

Comment saisir cet observation dans le logiciel ?

    Exemple :
        500 kg de MELAG, on trie 40kg en 15kg Scomber scombrus et 25kg Scomber colias. Ensuite seuls 3.5kg de Scomber scombrus et 2.3kg de Scomber colias sont mesurés.

La saisie sera :

1. créer les deux lot VRAC Scomber scombrus et Scomber colias sans poids.
2. saisir dans la colonne "poids sous-échantillonnés (kg)" les valeurs 15kg et 25kg.
3. sélectionner les deux lignes + clic droit et saisir la valeur du MELAG de 500kg.
4. modifier les valeurs de la colonne "poids sous-échantillonnés (kg)" à 3.5kg et 2.3kg.
5. finir en saisissant les valeurs des mensurations.

Sur Thalassa, la gestion du mélange peut se faire automatiquement via l'import Pupitri. Voir le chapitre spécifique sur l'import Pupitri

## Gestion du protocole

Associer un protocole de saisie à une campagne est une étape indispensable avant toute saisie. Le protocole permet de configurer les écrans de saisie, ce qui permet de limiter les risques d'erreurs et de faciliter la saisie (ce qui se traduit par un gain de temps). Cette étape doit être réalisée idéalement en mode connecté car cela permet de configurer le protocole avec des références à jour. Le protocole pourra être ajusté en cours de saisie.

Il y a trois manières de préparer un protocole :

- Créer un nouveau protocole (bouton nouveau ) et compléter les différents onglets directement sur les écrans.
  Cette méthode sera cependant assez longue à réaliser.
- Créer un nouveau protocole (bouton nouveau ) et compléter les différents onglets à partir d’import de fichier .csv (bouton importer les caractéristiques par exemple).
  Les différents fichiers .csv étant préparés et manipulés dans un tableur (Libre office par exemple).
- Créer un nouveau protocole à partir d'un protocole existant (bouton Éditer/Cloner ).
  Le fichier à importer provenant d'un protocole existant (classiquement le protocole de la campagne de l'année précédente).

## Quelles sont les informations à renseigner dans le protocole

### Onglet informations générales

Le protocole doit porter un nom unique sur votre ordinateur. Un commentaire peut lui être associé.

### Onglet Caractéristiques/Classes de taille

Sélectionner à partir de la colonne de gauche toutes les méthodes de mensurations appliquées sur les différentes espèces observées au cours de la campagne. Seules les méthodes listées dans la colonne de droite seront disponibles dans les écrans de saisie.

### Onglet Caractéristiques/Observations individuelles

Sélectionner à partir de la colonne de gauche toutes les caractéristiques qui seront observées pour décrire les individus. Par défaut l'application propose le nom de l'espèce, son poids, sa taille et sa méthode de mensuration. Pour pouvoir renseigner sous forme de colonnes supplémentaires dans le tableau, d'autres caractéristiques, il faut les ajouter dans la colonne de droite. L'ordre des caractéristiques (de haut en bas) sera celui appliqué dans le tableau (de gauche à droite)

### Onglet Caractéristiques/Caractéristiques du trait

Dans le tableau du haut, ajouter sur chaque ligne les observations qui seront enregistrées pour décrire la mise en œuvre de l'engin et ou la mise en œuvre du navire (exemple : profondeur de l'engin, état de la mer). Dans la colonne « Onglet » préciser l’écran dans lequel sera affiché cette caractéristique. Dans la colonne « Colonne du fichier d’import », si vous utilisez la fonctionnalité d’import des caractéristiques, associé les lignes aux colonnes du fichier d’import.

Dans le tableau du bas, si vous utilisez la fonctionnalité d’import des caractéristiques, associer les caractéristiques du trait aux colonnes du fichier d’import.

### Onglet Espèces

Lister dans ce tableau l'ensemble des espèces les plus couramment observées, leur code associé et l'ensemble des observations attendues (exemple : l'espèce doit-elle être pesée, doit-elle être mesurée ? Si oui, quelle sera la méthode de mesure ?)

Important à retenir : dans la colonne Espèce seuls les taxons référents sont listés. Si vous essayez d'importer un fichier avec des synonymes ou si vous ajoutez une ligne avec un taxon synonyme, le logiciel basculera automatiquement la ligne vers le taxon référent.

### Onglet Benthos

idem Espèces

### Information importante

le logiciel permet une saisie séparée des fractions Espèces et Benthos . Cette séparation permet l'enregistrement de taux d'échantillonnages différents entre ces deux fractions.

Dans le cas où le protocole de la campagne entraîne une observation commune des deux fractions, la saisie des espèces et du benthos pourra être réalisée sur le même tableau. Dans ce dernier cas, ne pas utiliser la notion de benthos dans le logiciel. Même chose pour les méduses qui appartiennent normalement au groupe Plancton.

## Format des fichiers d'imports dans le logiciel

Afin de connaître le format des différents fichier qu'il est possible d'importer dans le logiciel, l'utilisateur est invité à ajouter une ou plusieurs valeurs à partir des écrans puis à exporter le résultat. Le fichier ainsi créé sera ouvert dans un éditeur de texte (Libre Office idéalement) pour prendre connaissance du format du fichier. L'utilisateur peut alors modifier le fichier selon son besoin avant de l'importer dans le logiciel.

## Manipulation des fichiers d'import/export

Le logiciel génère et importe deux formats de fichiers.

1. des format propres au logiciel (exemple : export du protocole à partir du menu Éditer/Exporter en face du champ Protocole de saisie).
   Ces fichiers peuvent être ouverts et modifiés à partir d'un éditeur de type Notepad++).
   La syntaxe est cependant difficilement compréhensible pour un utilisateur normal du logiciel. Ces fichiers serviront donc le plus souvent d'export/import sans modification du contenu.
2. des formats .csv. Ces fichiers sont à ouvrir sous Libre Office et à sauvegarder en respectant le formatage suivant : Encodage de caractère UTF8 et séparateur de champ ; . Ces fichiers sont facilement compréhensibles par les utilisateurs et peuvent donc être modifiés avant import dans le logiciel.

## Sauvegarde du protocole dans Harmonie

Avant synchronisation vers Harmonie, exporter le protocole de la campagne et l'importer comme pièce jointe associé au premier trait de la campagne afin de le sauvegarder.
Cela vous permettra de le récupérer l'année suivante pour initialiser la nouvelle campagne et/ou corriger les données.

## Vrac / Hors Vrac : définitions

HORS VRAC
  catégorie associée à un lot ou un individu qui a été prélevé directement sur la capture sans passer par le pesage automatique ni le tri.
Cas 1
  Cette notion est utile dans les cas de capture abondante où seule une fraction de la capture va être observée. Dans cette configuration, les lots (catégorisés à VRAC) observés dans l'échantillon seront élevés (facteur d'élévation) pour obtenir les poids et nombre totaux dans la capture.
Cas 2
  Les individus rares ou atypiques qui auront été extraits de la capture avant échantillonnage ne devront pas être élevés car leur facteur d'élévation = 1.
Cas 3
  par convention, lorsque la totalité de la capture est observée (pesée et triée), on catégorise tous les lots à VRAC.

## Saisie multi-ordinateurs

L'applicatif permet d'envisager la saisie des informations sur plusieurs ordinateurs en parallèle. Par exemple, pour accélérer le temps de saisie, il est possible de saisir la composition du benthos sur un ordinateur et toutes les autres informations (les espèces, les macro-déchets etc.) sur un autre ordinateur. Il faut cependant décider à l'avance quel sera l'ordinateur dit maître et le(s) ordinateur(s) satellites . L'ordinateur maître centralisera toutes les données alors que les ordinateurs satellites ne seront utilisés que pour saisir une parties des fractions de la capture.

Pour cela il faut initialiser la saisie sur le poste maître (définir la série, la campagne et le protocole). Exporter la base dans le menu Fichier/Gestionnaire de base...Exporter. Sur les postes satellites , lancer l'installation de l'applicatif en pointant sur la base ainsi exportée.

Pour la saisie sur les postes satellites , créer les traits en ne complétant que les trois champs Code station , Numéro de trait et date de début de traîne . Compléter les données sur l'onglet approprié (exemple Benthos).

En haut à gauche de l'écran utiliser l'option exporter les ... .

Enregistrer le fichier sur le réseau ou sur une clef usb.

Sur le poste maître , se positionner sur le bon trait et l'onglet que vous souhaitez importer.

En haut à droite de l'écran cliquer sur Importer des ... , pointer sur le fichier précédemment généré.

Toutes les données saisie sur le poste satellite sont rapatriées sur le poste maître .

Fonctionnement de l'import de données : seuls les champs non renseignés dans l'écran d'import peuvent être complétés par les données du fichier importé.

Les poids saisis dans l'écran d'import et les espèces saisies dans l'écran ne pourront pas être écrasés par le fichier importé.

Les données non importées seront listées. Ainsi, les données saisies sur le poste maître sont prioritaires sur les importations des postes satellites et ne seront donc pas écrasées.

## Sauvegarde régulière de la base

L'application utilise une base de données qui peut être sensible à des erreurs machine. Il est donc nécessaire de réaliser des sauvegardes régulières (tous les soirs) de la base afin de se prémunir de toutes pertes de données. Pour cela utiliser l'option "Exorter" du menu "Fichier/Gestionnaire de base". Le répertoire de sauvegarde de la base est défini dansle menu "Fichier/Configuration/Technique/Répertoire de sauvegarde de base".