TODO Update doc with generic import specs

# Export générique

Cette page décrit le format d'export générique.

Pour chaque fichier et colonne, on expliquera comment retrouver la données dans les écrans de l'application.

## Présentation du format d'export générique

L'export générique est une archive zip composée d'un unique dossier avec les fichiers suivants :

    exportCruise-100000
    ├── accidentalCatch.csv
    ├── catch.csv
    ├── gearCaracteristics.csv
    ├── individualObservation.csv
    ├── marineLitter.csv
    ├── operation.csv
    ├── parameter.csv
    ├── species.csv
    └── survey.csv

Vous pouvez télécharger un exemple d'export générique.

## Fichier accidentalCatch.csv

Ce fichier contient les Captures accidentelles.

### Entête du fichier

    Annee;Serie;Serie_Partielle;Engin;Code_station;Id_Operation;Poche;BatchId;ReferenceTaxonId;ReferenceTaxonName;Commentaire;CaracteristicId;CaracteristicValue

### Exemple

Voir le fichier accidentalCatch.csv

### Description des colonnes

Nom de colonne | Écran | Champs | Commentaire
--- | --- | --- | ---
Annee | Campagne | Date de début | format YYYY
Serie | Campagne | Série |
Serie_Partielle | Campagne | Série partielle |
Engin | Opération | Engin |
Code_station | Opération | Code station |
Id_Operation | Opération | Numéro de trait |
Poche | Opération | Numéro de poche |
BatchId | Opération > Capture | Numéro de lot de capture | Id du lot capture
ReferenceTaxonId | Opération > Observations individuelles | Tableau > Espèce |
ReferenceTaxonName | Opération > Observations individuelles | Tableau > Espèce |
Commentaire | Opération > Observations individuelles | Tableau > Commentaire |
CaracteristicId | Opération > Observations individuelles | Tableau > Autres Caractéristiques > Caractéristique | (1)
CaracteristicValue | Opération > Observations individuelles | Tableau > Autres Caractéristiques > Valeur | (1)

(1) On retrouve en plus les caractéristiques définies directement dans le tableau :

- Tableau > Sexe
- Tableau > Poids observé
- Tableau > Taille
- Tableau > Classe de taille
- Tableau > Mort ou vivant

## Fichier catch.csv

Ce fichier contient les données des Captures espèces et benthos.

### Entête du fichier

    Annee;Serie;Serie_Partielle;Engin;Code_station;Id_Operation;Poche;Taxon;Nom_scientifique;Commentaire;V_HV;Num_Ordre_V_HV_H2;Tot_V_HV;Ech_V_HV;Type_Volume_Poids_V_HV;Unite_Volume_Poids_V_HV;Class_Tri_;Num_Ordre_Class_Tri__H2;Tot_Class_Tri_;Ech_Class_Tri_;Type_Volume_Poids_Class_Tri_;Unite_Volume_Poids_Class_Tri_;Sexe;Num_Ordre_Sexe_H2;Tot_Sexe;Ech_Sexe;Type_Volume_Poids_Sexe;Unite_Volume_Poids_Sexe;Maturité;Num_Ordre_Maturité_H2;Tot_Maturité;Ech_Maturité;Type_Volume_Poids_Maturité;Unite_Volume_Poids_Maturité;Age;Num_Ordre_Age_H2;Tot_Age;Ech_Age;Type_Volume_Poids_Age;Unite_Volume_Poids_Age;Code_Longueur;Libelle_Longueur;Taille;NumOrdre_Taille_H2;Poids_Classe_Taille;Unite_Taille;Precision_Mesure;Nbr;Poids_Reference;Coef_Elev_Espece_Capture

### Exemple

Voir le fichier catch.csv

### Description des colonnes

Nom de colonne | Écran | Champs | Commentaire
--- | --- | --- | ---
Annee | Campagne | Date de début | format YYYY
Serie | Campagne | Série |
Serie_Partielle | Campagne | Série partielle |
Engin | Opération | Engin |
Code_station | Opération | Code station |
Id_Operation | Opération | Numéro de trait |
Poche | Opération | Numéro de poche |
Code_Taxon | Opération > Captures > Espèces ou Benthos | Tableau > Espèce |
Code_Espece_Campagne | Opération > Captures > Espèces ou Benthos | Tableau > Espèce |
Nom_scientifique | Opération > Captures > Espèces ou Benthos | Tableau > Espèce |
Commentaire | Opération > Captures > Espèces ou Benthos | Tableau > Commentaire | Les commentaires séparés par des |; en partant du lot père jusqu'au lot feuille
V_HV | Opération > Captures > Espèces ou Benthos | Tableau > Poids Vrac | Valeur: Vrac ou Hors Vrac
Num_Ordre_V_HV_H2 | Opération > Captures > Espèces ou Benthos | Numéro ordre du lot | (rankOrder)
Tot_V_HV | Opération > Captures > Espèces ou Benthos | Tableau > Vrac / Hors Vrac |
Ech_V_HV | Opération > Captures > Espèces ou Benthos | Tableau > Poids sous échantillonné |
Type_Volume_Poids_V_HV | Opération > Captures > Espèces ou Benthos |  | Poids ou volume (toujours Poids)
Unite_Volume_Poids_V_HV | Opération > Captures > Espèces ou Benthos |  | Unité de poids (toujours kg)
(1) | Opération > Captures > Espèces ou Benthos | Catégorisations |
Code_Longueur | Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations | Type de mesure |
Libelle_Longueur | Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations | Type de mesure |
Taille | Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations | Tableau > Taille |
NumOrdre_Taille_H2 | Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations | Numéro ordre du lot | (rankOrder)
Poids_Classe_Taille | Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations | Tableau > Poids observé |
Unite_Taille | Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations | Type de mesure |
Precision_Mesure | Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations | Type de mesure |
Nbr | Opération > Captures > Espèces ou Benthos > Mensurations | Tableau > Nombre |
Poids_Reference | Opération > Captures > Espèces ou Benthos | Poids de référence | Poids utilisé pour faire l'élévation
Coef_Elev_Espece_Capture | Opération > Captures > Espèces ou Benthos | Coefficient d'élévation à la capture totale | Valeur calculée
Coef_Final_Elevation | Opération > Captures > Espèces ou Benthos | Coefficient d'élévation par catégorie à la capture totale | Valeur calculée à définir

(1) Comme pour V_HV; pour chaque catégorisation XXX on aura 6 colonnes :

XXX
  Valeur de la catégorisation (i.e valeur de la caractéristique) (NA si cette catégorisation n'est pas utilisée)
Num_Ordre_XXX
  La position du lot (technique)
Tot_XXX
  Tableau > XXX
  Le poids total pour tous les lots de cette catégorie
Ech_XXX
  Tableau > Poids sous échantillonné
  Le poids échantillon de enregistre les modifications faites dans les différents champs.
Type_Volume_Poids_XXX
  Poids ou volume (toujours Poids)
Unite_Volume_Poids_XXX
  Unité de poids (toujours kg)

## Fichier gearCaracteristics.csv

Ce fichier contient les caractéristiques des engins d'une campagne.

### Entête du fichier

    Annee;Serie;Serie_Partielle;Engin;Code_PMFM;Libelle_PMFM;Valeur

### Exemple

Voir le fichier gearCaracteristics.csv

### Description des colonnes

Nom de colonne | Écran | Champs | Commentaire
--- | --- | --- | ---
Annee | Campagne | Date de début | format YYYY
Serie | Campagne | Série |
Serie_Partielle | Campagne | Série partielle |
Engin | Campagne | Engin |
Code_PMFM | Campagne > Engin | Tableau > Caractéristique |
Libelle_PMFM | Campagne > Engin | Tableau > Caractéristique |
Valeur | Campagne > Engin | Tableau > Valeur |

## Fichier individualObservation.csv

Ce fichier contient les données de Observations individuelles.

### Entête du fichier

    Annee;Serie;Serie_Partielle;Engin;Code_station;Id_Operation;Poche;BatchId;ReferenceTaxonId;ReferenceTaxonName;Commentaire;CaracteristicId;CaracteristicValue

### Exemple

Voir le fichier individualObservation.csv

### Description des colonnes

Nom de colonne | Écran | Champs | Commentaire
--- | --- | --- | ---
Annee | Campagne | Date de début | format YYYY
Serie | Campagne | Série |
Serie_Partielle | Campagne | Série partielle |
Engin | Opération | Engin |
Code_station | Opération | Code station |
Id_Operation | Opération | Numéro de trait |
Poche | Opération | Numéro de poche |
BatchId | Opération > Observations individuelles | Id technique |
ReferenceTaxonId | Opération > Observations individuelles | Tableau > Espèce |
ReferenceTaxonName | Opération > Observations individuelles | Tableau > Espèce |
Commentaire | Opération > Observations individuelles | Tableau > Commentaire |
CaracteristicId | Opération > Observations individuelles | Tableau > Autre Caractéristiques > Tableau > Caractéristique | (1)
CaracteristicValue | Opération > Observations individuelles | Tableau > Autre Caractéristiques > Tableau > Valeur | (1)

(1) On retrouve aussi les caractéristiques communes définies dans le protocole, affichées dans des colonnes du tableau avanat Autres caractéristiques

## Fichier marineLitter.csv

Ce fichier contient les données de Macro déchets.

### Entête du fichier

    Annee;Serie;Serie_Partielle;Engin;Code_station;Id_Operation;Poche;MarineLitterCategory;MarineLitterSizeCategory;Number;Weight;Commentaire

### Exemple

Voir le fichier marineLitter.csv

### Description des colonnes

Nom de colonne | Écran | Champs | Commentaire
--- | --- | --- | ---
Annee | Campagne | Date de début | format YYYY
Serie | Campagne | Série |
Serie_Partielle | Campagne | Série partielle |
Engin | Opération | Engin |
Code_station | Opération | Code station |
Id_Operation | Opération | Numéro de trait |
Poche | Opération | Numéro de poche |
MarineLitterCategory | Opération > Macro-déchet | Tableau > Catégorie |
MarineLitterSizeCategory | Opération > Macro-déchet | Tableau > Catégorie de taille |
Number | Opération > Macro-déchet | Tableau > Nombre |
Weight | Opération > Macro-déchet | Tableau > Poids |
Commentaire | Opération > Macro-déchet | Tableau > Commentaire |

## Fichier operation.csv

Ce fichier contient les données du Trait.

### Entête du fichier

    Annee;Serie;Serie_Partielle;Code_Station;Id_Operation;Poche;Engin;Navire;DateDeb;LatDeb;LongDeb;DateFin;LatFin;LongFin;Duree;Strate;Sous_Strate;Localite;Validite_OP;Rectiligne;Distance;Saisisseur;Navire_Associe;Commentaire;Poids_Total;Poids_Total_Calcule;Poids_Total_Vrac;Poids_Total_Vrac_Calcule;Poids_Total_HorsVrac;Poids_Total_HorsVrac_Calcule;Poids_Total_Non_Trie;Poids_Total_Non_Trie_Calcule;Poids_Total_Tremis;Poids_Total_Tremis_Calcule;Poids_Total_Carroussel;Poids_Total_Carroussel_Calcule;Poids_Total_Espece;Poids_Total_Espece_Calcule;Poids_Total_Espece_Vrac;Poids_Total_Espece_Vrac_Calcule;Poids_Total_Espece_Vrac_Trie;Poids_Total_Espece_Vrac_Trie_Calcule;Poids_Total_Espece_HorsVrac;Poids_Total_Espece_HorsVrac_Calcule;Poids_Total_Espece_Inerte_Trie;Poids_Total_Espece_Inerte_Trie_Calcule;Poids_Total_Espece_Vivant_non_detaille_trie;Poids_Total_Espece_Vivant_non_detaille_trie_Calcule;Poids_Total_Benthos;Poids_Total_Benthos_Calcule;Poids_Total_Benthos_Vrac;Poids_Total_Benthos_Vrac_Calcule;Poids_Total_Benthos_Vrac_Trie;Poids_Total_Benthos_Vrac_Trie_Calcule;Poids_Total_Benthos_HorsVrac;Poids_Total_Benthos_HorsVrac_Calcule;Poids_Total_Benthos_Inerte_Trie;Poids_Total_Benthos_Inerte_Trie_Calcule;Poids_Total_Benthos_Vivant_non_detaille_trie;Poids_Total_Benthos_Vivant_non_detaille_trie_Calcule;Poids_Total_Macro_Dechet;Poids_Total_Macro_Dechet_Calcule

### Exemple

Voir le fichier operation.csv

### Description des colonnes

Nom de colonne | Écran | Champs | Commentaire
--- | --- | --- | ---
Annee | Campagne | Date de début | format YYYY
Serie | Campagne | Série |
Serie_Partielle | Campagne | Série partielle |
Code_station | Opération | Code station |
Id_Operation | Opération | Numéro de trait |
Poche | Opération | Numéro de poche |
Engin | Opération | Engin |
Navire | Opération | Navire |
DateDeb | Opération | Date début | format JJ/MM/YYYY HH:MM:ss
LatDeb | Opération | Latitude début | format DD
LongDeb | Opération | Longitude début | format DD
DateFin | Opération | Date fin | format JJ/MM/YYYY HH:MM:ss
LatFin | Opération | Latitude fin | format DD
LongFin | Opération | Longitude fin | format DD
Duree | Opération | Durée du trait | (3)
Strate | Opération | Strate | (1)
Sous-Strate | Opération | Sous strate | (1)
Localite | Opération | Localité | (1)
Validite_OP | Opération | Opération valide |
Rectiligne | Opération | Opération rectiligne |
Distance | Opération | Distance |
Saisisseur | Opération | Saisisseur | (2)
NavireAssocie | Opération | Navire associé | (2)
Commentaire | Opération | Commentaire |
Poids_Total | Opération > Capture > Résumé | Poids total capture | (3)
Poids_Total_Calcule | Opération > Capture > Résumé | Poids total calculé | (4)
Poids_Total_Vrac | Opération > Capture > Résumé | Poids total Vrac | (3)
Poids_Total_Vrac_Calcule | Opération > Capture > Résumé | Poids total Vrac calculé | (4)
Poids_Total_HorsVrac | Opération > Capture > Résumé | Poids total Hors Vrac | (3)
Poids_Total_HorsVrac_Calcule | Opération > Capture > Résumé | Poids total Hors Vrac calculé | (4)
Poids_Total_Non_Trie | Opération > Capture > Résumé | Poids total Non trié | (3)
Poids_Total_Non_Trie_Calcule | Opération > Capture > Résumé | Poids total Non trié calculé | (4)
Poids_Total_Tremis | Opération > Capture > Résumé | Poids total Trémis | (3)
Poids_Total_Tremis_Calcule | Opération > Capture > Résumé | Poids total Trémis calculé | (4)
Poids_Total_Carroussel | Opération > Capture > Résumé | Poids total Carroussel | (3)
Poids_Total_Carroussel_Calcule | Opération > Capture > Résumé | Poids total Carroussel calculé | (4)
Poids_Total_Espece | Opération > Capture > Espèce | Poids total | (3)
Poids_Total_Espece_Calcule | Opération > Capture > Espèce | Poids total calculé | (4)
Poids_Total_Espece_Vrac | Opération > Capture > Espèce | Poids total Vrac | (3)
Poids_Total_Espece_Vrac_Calcule | Opération > Capture > Espèce | Poids total Vrac calculé | (4)
Poids_Total_Espece_Vrac_Trie | Opération > Capture > Espèce | Poids total Vrac trié | (3)
Poids_Total_Espece_Vrac_Trie_Calcule | Opération > Capture > Espèce | Poids total Vrac trié calculé | (4)
Poids_Total_Espece_HorsVrac | Opération > Capture > Espèce | Poids total Hors Vrac | (3)
Poids_Total_Espece_HorsVrac_Calcule | Opération > Capture > Espèce | Poids total Hors Vrac calculé | (4)
Poids_Total_Espece_Inerte_Trie | Opération > Capture > Espèce | Poids total interte trié | (3)
Poids_Total_Espece_Inerte_Trie_Calcule | Opération > Capture > Espèce | Poids total interte trié calculé | (4)
Poids_Total_Espece_Vivant_non_detaille_trie | Opération > Capture > Espèce | Poids total non détaillé trié | (3)
Poids_Total_Espece_Vivant_non_detaille_trie_Calcule | Opération > Capture > Espèce | Poids total non détaillé trié calculé | (4)
Poids_Total_Benthos | Opération > Capture > Benthos | Poids total | (3)
Poids_Total_Benthos_Calcule | Opération > Capture > Benthos | Poids total calculé | (4)
Poids_Total_Benthos_Vrac | Opération > Capture > Benthos | Poids total Vrac | (3)
Poids_Total_Benthos_Vrac_Calcule | Opération > Capture > Benthos | Poids total Vrac calculé | (4)
Poids_Total_Benthos_Vrac_Trie | Opération > Capture > Benthos | Poids total Vrac trié | (3)
Poids_Total_Benthos_Vrac_Trie_Calcule | Opération > Capture > Benthos | Poids total Vrac trié calculé | (4)
Poids_Total_Benthos_HorsVrac | Opération > Capture > Benthos | Poids total Hors Vrac | (3)
Poids_Total_Benthos_HorsVrac_Calcule | Opération > Capture > Benthos | Poids total Hors Vrac calculé | (4)
Poids_Total_Benthos_Inerte_Trie | Opération > Capture > Benthos | Poids total interte trié | (3)
Poids_Total_Benthos_Inerte_Trie_Calcule | Opération > Capture > Benthos | Poids total interte trié calculé | (4)
Poids_Total_Benthos_Vivant_non_detaille_trie | Opération > Capture > Benthos | Poids total non détaillé trié | (3)
Poids_Total_Benthos_Vivant_non_detaille_trie_Calcule | Opération > Capture > Benthos | Poids total non détaillé trié calculé | (4)
Poids_Total_Macro_Dechet | Opération > Capture > Macro déchet | Poids total | (3)
Poids_Total_Macro_Dechet_Calcule | Opération > Capture > Macro déchet | Poids total calculé | (4)

(1) : NA si pas de valeur

(2) : Valeurs séparées par des |

(3) : -9 si pas de valeur

(4) : Y si valeur calculée, N si valeur observée

## Fichier parameter.csv

Ce fichier contient tous les Caractéristiques du trait.

### Entête du fichier

    Annee;Serie;Serie_Partielle;Code_station;Id_Operation;Poche;Code_PMFM;Libelle_PMFm;Valeur

### Exemple

Voir le fichier parameter.csv

### Description des colonnes

Nom de colonne | Écran | Champs | Commentaire
--- | --- | --- | ---
Annee | Campagne | Date de début | format YYYY
Serie | Campagne | Série |
Serie_Partielle | Campagne | Série partielle |
Code_station | Opération | Code station |
Id_Operation | Opération | Numéro de trait |
Poche | Opération | Numéro de poche |
Code_PMFM | Opération > Mise en oeuvre de l'engin (ou Autres paramètres) | Tableau > Caractéristique |
Libelle_PMFm | Opération > Mise en oeuvre de l'engin (ou Autres paramètres) | Tableau > Caractéristique |
Valeur | Opération > Mise en oeuvre de l'engin (ou Autres paramètres) | Tableau > Valeur |

## Fichier species.csv

Ce fichier contient l'ensemble des espèces rencontrées dans les captures du trait, à savoir :

- Capture espèces
- Capture benthos
- Capture accidentelles
- Observations individuelles

### Entête du fichier

    Id;Code_Rubin;Nom Scientifique;Code campagne

### Exemple

Voir le fichier species.csv

### Description des colonnes

Nom de colonne | Commentaire
--- | ---
Id | Identifiant du taxon
Code_Rubin | RefTaxon
Nom Scientifique | Nom scientifique
Code campagne | Code campagne renseigné dans le protocole

## Fichier survey.csv

Ce fichier contient les données de la Campagne.

### Entête du fichier

    Annee;Serie;Serie_Partielle;Navire;Pays;Zone_Etude;Campagne;Id_Sismer;Date_Deb_Campagne;Port_Deb_Campagne;Date_Fin_Campagne;Port_Fin_Campagne;Chef_Mission;Resp_Salle_Tri;Commentaire

### Exemple

Voir le fichier survey.csv

### Description des colonnes

Nom de colonne | Écran | Champs | Commentaire
--- | --- | --- | ---
Annee | Campagne | Date de début | format YYYY
Serie | Campagne | Série |
Serie_Partielle | Campagne | Série partielle |
Navire | Campagne | Navire | Code
Pays | Configuration > Application | Id du pays à utiliser (export) |
Zone_Etude | Série de Campagne | Zone |
Campagne | Campagne | Nom |
Id_Sismer | Campagne |  | Vide pour le moment (voir http://forge.codelutin.com/issues/2877)
Date_Deb_Campagne | Campagne | Date de début | format JJ/MM/YYYY HH:MM:ss
Port_Deb_Campagne | Campagne | Port de départ |
Date_Fin_Campagne | Campagne | Date de fin | format JJ/MM/YYYY HH:MM:ss
Port_Fin_Campagne | Campagne | Port d'arrivée |
Chef_Mission | Campagne | Chef(s) de mission | Liste (séparateur |)
Resp_Salle_Tri | Campagne | Responsable(s) de salle de tri | Liste (séparateur |)
Commentaire | Campagne | Commentaire |

# Import générique

## Description des champs

Champs
  Description TODO

## Description des actions

Action
  Description TODO