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# Foire aux questions

## Gestion de la saisie d'un m뿯½lange d'esp뿯½ces

Dans le cas d'une capture abondante de plusieurs esp뿯½ces dont les individus sont morphologiquement proches (exemple : m뿯½lange de Scomber scombrus et de Scomber colias), le responsable du tri peut prendre la d뿯½cision de ne pas trier ces esp뿯½ces. Le m뿯½lange d'esp뿯½ces et mis en caisses qui sont pes뿯½es. Le tri en esp뿯½ces scientifique se fait dans un second temps 뿯½ partir d'un 뿯½chantillon repr뿯½sentatif tir뿯½ de plusieurs caisses r뿯½parties sur toute la dur뿯½e du tri. Si les sous lots ainsi obtenus sont encore trop importants, un nouvel 뿯½chantillonnage peut 뿯½tre r뿯½alis뿯½ avant de mesurer les individus.

Comment saisir cet observation dans le logiciel ?

    Exemple :

    뿯½뿯½뿯½ 500 kg de MELAG, on trie 40kg en 15kg Scomber scombrus et 25kg Scomber colias. Ensuite seuls 3.5kg de Scomber scombrus et 2.3kg de Scomber colias sont mesur뿯½s.

La saisie sera :

1. cr뿯½er les deux lot VRAC Scomber scombrus et Scomber colias sans poids.
2. saisir dans la colonne "poids sous-뿯½chantillonn뿯½s (kg)" les valeurs 15kg et 25kg.
3. s뿯½lectionner les deux lignes + clic droit et saisir la valeur du MELAG de 500kg.
4. modifier les valeurs de la colonne "poids sous-뿯½chantillonn뿯½s (kg)" 뿯½ 3.5kg et 2.3kg.
5. finir en saisissant les valeurs des mensurations.

Sur Thalassa, la gestion du m뿯½lange peut se faire automatiquement via l'import Pupitri. Voir le chapitre sp뿯½cifique sur l'import Pupitri

## Gestion du protocole

Associer un protocole de saisie 뿯½ une campagne est une 뿯½tape indispensable avant toute saisie. Le protocole permet de configurer les 뿯½crans de saisie, ce qui permet de limiter les risques d'erreurs et de faciliter la saisie (ce qui se traduit par un gain de temps). Cette 뿯½tape doit 뿯½tre r뿯½alis뿯½e id뿯½alement en mode connect뿯½ car cela permet de configurer le protocole avec des r뿯½f뿯½rences 뿯½ jour. Le protocole pourra 뿯½tre ajust뿯½ en cours de saisie.

Il y a trois mani뿯½re de pr뿯½parer un protocole :

- Cr뿯½er un nouveau protocole (bouton nouveau ) et compl뿯½ter les diff뿯½rents onglets directement sur les 뿯½crans.
  Cette m뿯½thode sera cependant assez longue 뿯½ r뿯½aliser.
- Cr뿯½er un nouveau protocole (bouton nouveau ) et compl뿯½ter les diff뿯½rents onglets 뿯½ partir d’import de fichier .csv (bouton importer les caract뿯½ristiques par exemple).
  Les diff뿯½rents fichiers .csv 뿯½tant pr뿯½par뿯½s et manipul뿯½s dans un tableur (Libre office par exemple).
- Cr뿯½er un nouveau protocole 뿯½ partir d'un protocole existant (bouton 뿯½diter/Cloner ).
  Le fichier 뿯½ importer provenant d'un protocole existant (classiquement le protocole de la campagne de l'ann뿯½e pr뿯½c뿯½dente).

## Quelles sont les informations 뿯½ renseigner dans le protocole

### Onglet informations g뿯½n뿯½rales

Le protocole doit porter un nom unique sur votre ordinateur. Un commentaire peut lui 뿯½tre associ뿯½.

### Onglet Caract뿯½ristiques/Classes de taille

S뿯½lectionner 뿯½ partir de la colonne de gauche toutes les m뿯½thodes de mensurations appliqu뿯½es sur les diff뿯½rentes esp뿯½ces observ뿯½es au cours de la campagne. Seules les m뿯½thodes list뿯½es dans la colonne de droite seront disponibles dans les 뿯½crans de saisie.

### Onglet Caract뿯½ristiques/Observations individuelles

S뿯½lectionner 뿯½ partir de la colonne de gauche toutes les caract뿯½ristiques qui seront observ뿯½es pour d뿯½crire les individus. Par d뿯½faut l'application propose le nom de l'esp뿯½ce, son poids, sa taille et sa m뿯½thode de mensuration. Pour pouvoir renseigner sous forme de colonnes suppl뿯½mentaires dans le tableau, d'autres caract뿯½ristiques, il faut les ajouter dans la colonne de droite. L'ordre des caract뿯½ristiques (de haut en bas) sera celui appliqu뿯½ dans le tableau (de gauche 뿯½ droite)

### Onglet Caract뿯½ristiques/Caract뿯½ristiques du trait

Dans le tableau du haut, ajouter sur chaque ligne les observations qui seront enregistr뿯½es pour d뿯½crire la mise en œuvre de l'engin et ou la mise en œuvre du navire (exemple : profondeur de l'engin, 뿯½tat de la mer). Dans la colonne 뿯½ Onglet 뿯½ pr뿯½ciser l’뿯½cran dans lequel sera affich뿯½ cette caract뿯½ristique. Dans la colonne 뿯½ Colonne du fichier d’import 뿯½, si vous utilisez la fonctionnalit뿯½ d’import des caract뿯½ristiques, associ뿯½ les lignes aux colonnes du fichier d’import.

Dans le tableau du bas, si vous utilisez la fonctionnalit뿯½ d’import des caract뿯½ristiques, associer les caract뿯½ristiques du trait aux colonnes du fichier d’import.

### Onglet Esp뿯½ces

Lister dans ce tableau l'ensemble des esp뿯½ces les plus couramment observ뿯½es, leur code associ뿯½ et l'ensemble des observations attendues (exemple : l'esp뿯½ce doit-elle 뿯½tre pes뿯½e, doit-elle 뿯½tre mesur뿯½e ? Si oui, quelle sera la m뿯½thode de mesure ?)

Important 뿯½ retenir : dans la colonne Esp뿯½ce seuls les taxons r뿯½f뿯½rents sont list뿯½s. Si vous essayez d'importer un fichier avec des synonymes ou si vous ajoutez une ligne avec un taxon synonyme, le logiciel basculera automatiquement la ligne vers le taxon r뿯½f뿯½rent.

### Onglet Benthos

idem Esp뿯½ces

### Information importante

le logiciel permet une saisie s뿯½par뿯½e des fractions Esp뿯½ces et Benthos . Cette s뿯½paration permet l'enregistrement de taux d'뿯½chantillonnages diff뿯½rents entre ces deux fractions.

Dans le cas o뿯½ le protocole de la campagne entra뿯½ne une observation commune des deux fractions, la saisie des esp뿯½ces et du benthos pourra 뿯½tre r뿯½alis뿯½e sur le m뿯½me tableau. Dans ce dernier cas, ne pas utiliser la notion de benthos (comme esp뿯½ce temporaire) dans le logiciel. M뿯½me chose pour les m뿯½duses qui appartiennent normalement au groupe Plancton.

## Format des fichiers d'imports dans le logiciel

Afin de conna뿯½tre le format des diff뿯½rents fichiers qu'il est possible d'importer dans le logiciel, l'utilisateur est invit뿯½ 뿯½ ajouter une ou plusieurs valeurs 뿯½ partir des 뿯½crans puis 뿯½ exporter le r뿯½sultat. Le fichier ainsi cr뿯½뿯½ sera ouvert dans un 뿯½diteur de texte (Libre Office id뿯½alement) pour prendre connaissance du format du fichier. L'utilisateur peut alors modifier le fichier selon son besoin avant de l'importer dans le logiciel.

## Manipulation des fichiers d'import/export

Le logiciel g뿯½n뿯½re et importe deux formats de fichiers.

1. des format propres au logiciel (exemple : export du protocole 뿯½ partir du menu 뿯½diter/Exporter en face du champ Protocole de saisie).
   Ces fichiers peuvent 뿯½tre ouverts et modifi뿯½s 뿯½ partir d'un 뿯½diteur de type Notepad++).
   La syntaxe est cependant difficilement compr뿯½hensible pour un utilisateur normal du logiciel. Ces fichiers serviront donc le plus souvent d'export/import sans modification du contenu.
2. des formats .csv. Ces fichiers sont 뿯½ ouvrir sous Libre Office et 뿯½ sauvegarder en respectant le formatage suivant : Encodage de caract뿯½re UTF8 et s뿯½parateur de champ ; . Ces fichiers sont facilement compr뿯½hensibles par les utilisateurs et peuvent donc 뿯½tre modifi뿯½s avant import dans le logiciel.

## Sauvegarde du protocole dans Harmonie

Avant synchronisation vers Harmonie, exporter le protocole de la campagne et l'importer comme pi뿯½ce jointe associ뿯½ au premier trait de la campagne afin de le sauvegarder.
Cela vous permettra de le r뿯½cup뿯½rer l'ann뿯½e suivante pour initialiser la nouvelle campagne et/ou corriger les donn뿯½es.

## Vrac / Hors Vrac : d뿯½finitions

HORS VRAC

cat뿯½gorie associ뿯½e 뿯½ un lot ou un individu qui a 뿯½t뿯½ pr뿯½lev뿯½ directement sur la capture sans passer par le pesage automatique ni le tri.

Cas 1

Cette notion est utile dans les cas de capture abondante o뿯½ seule une fraction de la capture va 뿯½tre observ뿯½e. Dans cette configuration, les lots (cat뿯½goris뿯½s 뿯½ VRAC) observ뿯½s dans l'뿯½chantillon seront 뿯½lev뿯½s (facteur d'뿯½l뿯½vation) pour obtenir les poids et nombre totaux dans la capture.

Cas 2

Les individus rares ou atypiques qui auront 뿯½t뿯½ extraits de la capture avant 뿯½chantillonnage ne devront pas 뿯½tre 뿯½lev뿯½s car leur facteur d'뿯½l뿯½vation = 1.

Cas 3

par convention, lorsque la totalit뿯½ de la capture est observ뿯½e (pes뿯½e et tri뿯½e), on cat뿯½gorise tous les lots 뿯½ VRAC.

## Saisie multi-ordinateurs

L'applicatif permet d'envisager la saisie des informations sur plusieurs ordinateurs en parall뿯½le. Par exemple, pour acc뿯½l뿯½rer le temps de saisie, il est possible de saisir la composition du benthos sur un ordinateur et toutes les autres informations (les esp뿯½ces, les macro-d뿯½chets etc.) sur un autre ordinateur. Il faut cependant d뿯½cider 뿯½ l'avance quel sera l'ordinateur dit ma뿯½tre et le(s) ordinateur(s) satellites . L'ordinateur ma뿯½tre centralisera toutes les donn뿯½es alors que les ordinateurs satellites ne seront utilis뿯½s que pour saisir une parties des fractions de la capture.

Pour cela il faut initialiser la saisie sur le poste ma뿯½tre (d뿯½finir la s뿯½rie, la campagne et le protocole). Exporter la base dans le menu Fichier/Gestionnaire de base...Exporter. Sur les postes satellites , lancer l'installation de l'applicatif en pointant sur la base ainsi export뿯½e.

Pour la saisie sur les postes satellites , cr뿯½er les traits en ne compl뿯½tant que les trois champs Code station , Num뿯½ro de trait et date de d뿯½but de tra뿯½ne . Compl뿯½ter les donn뿯½es sur l'onglet appropri뿯½ (exemple Benthos).

En haut 뿯½ gauche de l'뿯½cran utiliser l'option exporter les ... .

Enregistrer le fichier sur le r뿯½seau ou sur une clef usb.

Sur le poste ma뿯½tre , se positionner sur le bon trait et l'onglet que vous souhaitez importer.

En haut 뿯½ droite de l'뿯½cran cliquer sur Importer des ... , pointer sur le fichier pr뿯½c뿯½demment g뿯½n뿯½r뿯½.

Toutes les donn뿯½es saisie sur le poste satellite sont rapatri뿯½es sur le poste ma뿯½tre .

Fonctionnement de l'import de donn뿯½es : seuls les champs non renseign뿯½s dans l'뿯½cran d'import peuvent 뿯½tre compl뿯½t뿯½s par les donn뿯½es du fichier import뿯½.

Les poids saisis dans l'뿯½cran d'import et les esp뿯½ces saisies dans l'뿯½cran ne pourront pas 뿯½tre 뿯½cras뿯½s par le fichier import뿯½.

Les donn뿯½es non import뿯½es seront list뿯½es. Ainsi, les donn뿯½es saisies sur le poste ma뿯½tre sont prioritaires sur les importations des postes satellites et ne seront donc pas 뿯½cras뿯½es.

## Sauvegarde r뿯½guli뿯½re de la base

L'application utilise une base de donn뿯½es qui peut 뿯½tre sensible 뿯½ des erreurs machine. Il est donc n뿯½cessaire de r뿯½aliser des sauvegardes r뿯½guli뿯½res (tous les soirs) de la base afin de se pr뿯½munir de toutes pertes de donn뿯½es. Pour cela utiliser l'option "Exporter" du menu "Fichier/Gestionnaire de base". Le r뿯½pertoire de sauvegarde de la base est d뿯½fini dans le menu "Fichier/Configuration/Technique/R뿯½pertoire de sauvegarde de base".